Bu ülkede engizisyon şiddet olarak tanınmıştır. Tarihi kanıtlar ve özellikle Müslümanlara karşı gerçekleştirilen uzun yeniden fetih hareketleri bu fenomeni açıklamaktadır. Yahudi toplumunun fenomeni başka bir faktördür. Korkunç ritüel suçlanan İsrailli çocuklar kanlı katliamlara maruz kalmışlardır. Korku çok sayıda kalabalıkları din değiştirmeye zorlamıştır. Bunlar Marranolar'dır. Bunların sayısı tehlikeli bir şekilde artmıştır.

İlk engizisyoncular San Martin ve Morillo'nun faaliyeti şiddet ve düzensizlik içermektedir. Morillo hemen azledilmiştir. Gerçekten de Conversolar denilen kimselerin basit kuşkulardan dolayı tutuklanmış olmaları ve ölmüş olanların cesetlerinin kabirlerinden çıkartılarak işkence edilmesi, Yahudi olanların Yahudi usullerine göre mezara konulmamış olması, ölmüş mürtetlerin kuru kemiklerinin mezardan çıkarılarak yakılması bu düşünceyi doğrulamaktadır.

Engizisyon kurulunun başında Consejo Supremo de la Santa Inquisicion genel bir engizisyoncu bulunuyordu. Bu güçlü kişi kral tarafından papa adına tayin edilmişti. Konsey, genel engizisyoncu olarak görevlendirilmiş yedi üyeden oluşmaktaydı. Bunlardan ikisi Kastilya konseyine ait olmak zorunda idi. 1616'dan itibaren Philippe III'ün emriyle bir dominiken de zorunlu olarak üye olmuştur. Supremo her sabah ve her salı, perşembe, cumartesi günleri öğleden sonraları eşit olarak üçer saat bulunuyordu. Başlıca yedi üyenin dışında Camara del Rey'in bir sekreteri, konseyin iki sekreteri, bir alguazil mayor, davaları kaydeden ve para cezalarını tahsil eden bir receptor, iki raporatör, kovuşturmaları takip eden bir solicitator, teoloji alanında uzman bir çok danışmanlar, dört odacı ve bir çok yakın vardı.

Her özel mahkeme üç engizisyoncu, üç sekreter, bir alguazil mayor, üç receptor ve danışman ihtiva ediyordu. Tespit edilen engizisyon mahkemelerinin sayısı İspanya'da 14, Portekiz'de 3, İspanyol Amerikası'nda 3 ve İtalya'da 2 idi.

Engizisyon, çağın gidişatına göre ölüm cezasına baş vurmakta idi, ancak "Kilise'nin kandan tiksinmesi" prensibini harfi harfine uyguluyordu. İplerle işkence yapılıyordu. İpler, kollar ve uyluklar etrafına bağlanarak yavaş yavaş sıkılırdı. Su ile öldürme cezası uygulanıyordu. Bu davranış, sonuçları itibariyle Nazi Banyosu'nu andırıyordu. Yüz üzerine bir parça kumaş konur, kumaşın üzerine dökülen su mahkumun nefes almasını tamamen engeller.

Mahkum ayrıca işkence sehpasına bağlanır ve özellikle Valence 'de suçluyu bir kaç kez gemiden suya salma yada karada bir direğe çekip aşağıya salıverme cezası uygulanırdı. İşkence hazırlığı yavaş yavaş, sancı vererek ve uzun sürerdi. Şüpheli bir çok kez gerçeği itiraf etmeye davet edilirdi. Kendisine önce itiraf etmesi için rica edilir, sonra tehdit edilir ve ölüm cezası vasıtaları kendisine gösterilirdi. Çıplak bir şekle getirilirdi ve sanıklara bazen bir kadın yada deli gömleği giydirilir ve utanılacak bir durumla baş başa bırakılırdı. Bir doktor bunları usanmadan müşahede altında tutar ve dirençlerini kontrol ederdi. En azından bir engizisyoncu olay yerinde hazır bulunur, itiraflarını yazmakla görevli bir notere refakat eder ve gelişmeleri dikkatlice not alırdı. Teorik olarak işkence tekrarlanamıyordu ve sanık bazen itiraf ettiği halde mahkum oluyor, bazen de serbest bırakılıyordu. Bu son durumda mahkum, gördüğü veya işittiği şeyi bir sır olarak saklamaya yemin etmek ve üzerinde konuşulup tartışılan şeyi doğrulamak zorundaydı.

Engizisyon hapishaneleri korkunç çukur dipleri mi, ölüme giriş odaları mı, nemli, buzlu ve pis kokulu yerler midir? Yoksa bunun aksine Pinta Llorente'li Miguel'in belirttiği gibi gürültüden uzak ikamet yerleri midir? Bu hapishanelerin, engizisyoncuların bulunabildikleri mahallere bağlı bulunması gerekiyordu. Başka bir ifadeyle çerçeve bu fiziki faktörlere bağlıydı, zira fiziki atmosfer her yerde boğucu ve kaygı verici olmak zorundaydı. Bununla birlikte bir doktor mahpusları düzenli olarak gözetim altında tutuyordu. Yiyeceğe ayrılan tahmini bütçe ekmek, şarap, süt ve et alabilmek için yeterliydi.Bazı gıda rejimleri elde edilebiliyordu ve ebeveynlerin sanıklara daha rafine ve daha bol yemek getirme imkanları vardı. Mahpusun savunmasını hazırlamak ve boş zamanlarını değerlendirmek için yazacak şeyi vardı. Bununla birlikte Auto da fe yani engizisyonun yakma kararından önce nice ölüler vardır. Bu ölülerin yüzde oranı tabii sebeplere isnat edebilmek için çok yüksektir. Görünen o ki, maddi konfor kabul edilebilirdi, ancak manevi işkence apaçık ortadaydı. Uzun yıllar süren tutukluluğun belirsizliği içinde nasıl yılgınlığa ve bezginliğe maruz kalınmaz ki? Hayali bir yanlış mı, gerçek bir heretik hareket mi itiraf etmek gerekiyordu? Sona kadar inkar mı etmek gerekiyordu? Ve bu son ne olacaktı?

Suçlular çok değişik cezalara çarptırılırlardı. En yüksek yargı organı dahi salt ruhsal cezalar verebiliyordu. Bazen kefaret oruçları, haclar, ikametgah yasakları, dini pratikler. Kırmızı ile damgalanmış, insanı küçültücü sarı bir gömlekle mahkemeye çağırma gibi cezalar da vardı. Bazıları için kürek çekme, halkın önünde kırbaçlama v.b. cezalar uygulanırdı. Sık sık para cezası ve suçluların mallarına el koyma cezalarına çarptırılanlar olurdu. Bazen halkın önünde Auto da fe yani engizisyon mahkemesinin yakma kararı boyunca tövbeye zorlanırlardı. Sonuçta oldukça az rastlansa da en suçlu mahkumlar laik güçlere teslim edilir ve odun yığınları içinde yakılmaya mahkum edilirdi. Bu son yargı ancak belli olaylarda açıklanırdı : İtiraf eden ve yanlışlarında ısrar eden heretiklere, kendisine isnat edilen suçları reddedenlere, son olarak da mürtetlere veya suçu tekrar edenlere karşı uygulanırdı. Diri diri yakma cezası veren Kilise ile uzlaşmayı sadece eskiler reddettiler. Uzlaşanlara gelince, bunlar evvela yakılmadan önce boğularak öldürme cezasına çarptırılıyorlardı.

Mahkemeler süresince toplam olarak 31.912 kişi yakılarak cezalandırılmıştır, 17.659 kişinin tiksinti ve öfkeyi belirtmek için kuklası yakılmış, 291.450 kişi de daha değişik cezalara çarptırılmışlardır. Bu rakamlar çok yüksektir ve günümüz tarihçileri bunları aşırı bulmaktadırlar. Bununla birlikte bu rakamları kabul edenler, diğer ülkeler için gerçekleşmiş olan bazı korkunç tahminlere göre bu rakamların düşük dahi olduğunu belirtmektedirler.

Kaynak : Ortaçağ Hristiyan Dünyasında Dinsel Şiddet Engizisyon